Permiten evaluar zonas inaccesibles. Incluyen: Rayos X (con o sin contraste), Tomografía computarizada, Resonancia magnética, Gammagrafía con glóbulos blancos marcados y Ecografías.

1. Radiografía de abdomen: sirve para ver la distribución de aire en el abdomen o si hay aire libre en el peritoneo en caso que se sospeche una perforación del intestino.
2. Radiografía con contraste. Hay 2 tipos.
   • Tránsito de intestino delgado con contraste: se utiliza para observar el yeyuno- íleon de difícil acceso por endoscopia. Se obtienen imágenes después de ingerir una sustancia especial de contraste (bario) por boca. El bario no es rico pero tampoco es desagradable. A veces se ingieren también unas cápsulas de anhídrido carbónico para dar un doble contraste. Se toman varias imágenes a medida que el bario va progresando por el intestino delgado. Al finalizar, casi después de una o dos horas de procedimiento, se presiona el abdomen (con una especie de espátula con una pelota de goma) para poder visualizar mejor el intestino.
   • Colon por enema: es una radiografía en la que, como su nombre lo indica, el contraste se da por vía rectal, como un enema. Este estudio sirve para ver el colon si esta angostado, rígido, etc.
3. Tomografía axial computarizada (TAC) de abdomen sin y con contraste y la Entero TAC: 64 pistas son fundamentales para valorar la presencia de abscesos y fístulas.
4. Resonancia magnética sin y con contraste.

No todas las pruebas que se mencionan aquí deben necesariamente efectuarse en todo paciente. Dependiendo de los síntomas y circunstancias, pueden hacerse más o menos exámenes. Por ejemplo, a un paciente que vive lejos de un centro médico especializado, podrían realizársele en pocos días varios de los estudios mencionados que, en otros casos, se distribuirían a lo largo de un tiempo.

En muchos casos la historia clínica puede ser suficiente como para tener fuertes sospechas de diagnóstico. Un paciente con diarrea crónica, pérdida de peso, historia de inflamación de una rodilla o tobillo, tiene grandes posibilidades de tener CU o EC. Paralelamente, si a ese cuadro se le agregan lesiones alrededor del ano, lo más probable es que se trate de EC, al punto que no hay muchas otras enfermedades que den esa combinación de síntomas. Contrariamente, las posibilidades diagnósticas de un paciente con dolor abdominal difuso y, alguna que otra vez, episodios de materia fecal líquida son mucho más amplias, dilatándose la llegada de un diagnóstico, no necesariamente por la falta de conocimiento del profesional sino por lo inespecífico de los síntomas. El balance entre hacer demasiados estudios, o estudios no invasivos y hacer mínimos estudios no es fácil. El hallazgo puede darse en un examen de rutina de un paciente que tiene sólo dolor abdominal, sin episodios de diarrea.