Permiten consolidar un diagnóstico, evaluar la severidad y extensión de la enfermedad y la toma de muestras (biopsias) para luego analizar bajo el microscopio (estudios patológicos).

1. Endoscopía alta o gastroscopía o esófago-gastro-duodenoscopía. Permite visualizar las paredes del esófago, estómago y duodeno (primera porción del intestino). Es necesario un ayuno de varias horas, el procedimiento se realiza en un sitio especial dedicado a esto o en un quirófano. Se duerme o se le da sedación profunda al paciente. Un monitoreo constante controla la respiración, presión arterial, etc. El paciente no siente nada durante el procedimiento. Al cabo de unas horas de finalizado, a excepción de algún motivo médico por el cual el paciente deba permanecer internado, se retira a su hogar. La sensación que puede manifestarse es el abdomen un tanto distendido, a raíz del aire que se introdujo durante el estudio para separar las paredes del estómago y duodeno.
2. Endoscopía baja o colonoscopía. Permite examinar a lo largo del colon. (se llama sigmoidoscopía, cuando se examina la última parte del colon). Para la colonoscopía hace falta seguir una dieta uno o dos días antes del estudio e ingerir un laxante muy potente para que el colon quede completamente limpio y se pueda visualizar correctamente. Si no se ingiere la dosis de laxante recomendada, o se lo vomita, el colon queda sucio, no pudiendo realizar la práctica. El día del estudio, es necesario un ayuno de varias horas, el procedimiento se realiza en un sitio especial dedicado a esto o en un quirófano. Se duerme o se le da sedación profunda al paciente. Un monitoreo constante controla la respiración, presión arterial, etc. El paciente no siente nada durante el procedimiento. Al cabo de unas horas de finalizado, a excepción de algún motivo médico por el cual el paciente deba permanecer internado, se retira a su hogar. La sensación que puede manifestarse es el abdomen un tanto distendido, a raíz del aire que se introdujo durante el estudio para separar las paredes del intestino.
3. Biopsias: En ambos tipos de estudios se toman múltiples biopsias, es decir, muestras del tejido que cubre la pared interior del intestino. Estas muestras se analizan bajo el microscopia para ver los detalles de la preservación, alteración o hallazgos característicos en la superficie del intestino.
4. Video cámara: El paciente ingiere una cápsula llevando consigo durante 24 horas, un monitor registra en forma electrónica las imágenes para luego analizarlas y determinar la presencia de alteraciones de la pared intestinal, úlceras, erosiones, áreas de sangrado, etc.