Metronidazol, ampicillina, ciprofloxacina, otros. El motivo por el cual antibióticos pueden ser usados como agentes terapéuticos en la EC no está claro. Como se piensa que existe un componente en la enfermedad causada por bacterias, es lógico pensar que los antibióticos puedan cumplir un rol terapéutico. Así es efectivamente, pero no en todos los casos. El metronidazol actúa en casos de fístulas o enfermedad perianal con resultados variables. La otra manera en que los antibióticos pueden actuar es eliminando lo que se llama sobredesarrollo bacteriano, es decir, una proliferación excesiva de bacterias en alguna parte del intestino delgado (yeyuno o íleo).